| Дата | Этап | Соперник | Счет | Место | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 02.05.1999, Вс | 1 тур | Селенга Улан-Удэ | 4:1 В | Дома | ||
| 05.05.1999, Ср | 2 тур | Звезда Иркутск | 1:0 В | Дома | ||
| 14.05.1999, Пт | 3 тур | СКА-Энергия Хабаровск | 0:2 П | Выезд | ||
| 17.05.1999, Пн | 4 тур | Амур-Энергия Благовещенск | 0:2 П | Выезд | ||
| 24.05.1999, Пн | 5 тур | Динамо Барнаул | 1:1 Н | Дома | ||
| 31.05.1999, Пн | 8 тур | Самотлор-XXI Нижневартовск | 3:0 В | Дома | ||
| 03.06.1999, Чт | 7 тур | Иртыш Омск | 2:0 В | Дома | ||
| 13.06.1999, Вс | 9 тур | Сибиряк Братск | 5:1 В | Выезд | ||
| 16.06.1999, Ср | 10 тур | Реформация Абакан | 4:0 В | Выезд | ||
| 23.06.1999, Ср | 11 тур | Заря Ленинск-Кузнецкий | 1:0 В | Выезд | ||
| 26.06.1999, Сб | 12 тур | КУЗБАСС Кемерово | 1:1 Н | Дома | ||
| 03.07.1999, Сб | 13 тур | Океан Находка | 1:1 Н | Выезд | ||
| 06.07.1999, Вт | 14 тур | Луч Владивосток | 1:4 П | Выезд | ||
| 13.07.1999, Вт | 15 тур | Чкаловец Новосибирск | 4:1 В | Дома | ||
| 16.07.1999, Пт | 16 тур | Динамо Омск | 4:1 В | Дома | ||
| 04.08.1999, Ср | 17 тур | Селенга Улан-Удэ | 3:0 В | Выезд | ||
| 07.08.1999, Сб | 18 тур | Звезда Иркутск | 2:2 Н | Выезд | ||
| 14.08.1999, Сб | 19 тур | СКА-Энергия Хабаровск | 2:0 В | Дома | ||
| 17.08.1999, Вт | 20 тур | Амур-Энергия Благовещенск | 3:1 В | Дома | ||
| 27.08.1999, Пт | 22 тур | Динамо Барнаул | 3:1 В | Выезд | ||
| 03.09.1999, Пт | 23 тур | Иртыш Омск | 1:1 Н | Выезд | ||
| 06.09.1999, Пн | 24 тур | Самотлор-XXI Нижневартовск | 1:0 В | Выезд | ||
| 13.09.1999, Пн | 25 тур | Сибиряк Братск | 2:1 В | Дома | ||
| 16.09.1999, Чт | 26 тур | Реформация Абакан | 5:1 В | Дома | ||
| 23.09.1999, Чт | 27 тур | Заря Ленинск-Кузнецкий | 3:1 В | Дома | ||
| 26.09.1999, Вс | 28 тур | КУЗБАСС Кемерово | 0:1 П | Выезд | ||
| 03.10.1999, Вс | 29 тур | Океан Находка | 1:0 В | Дома | ||
| 06.10.1999, Ср | 30 тур | Луч Владивосток | 2:1 В | Дома | ||
| 13.10.1999, Ср | 31 тур | Чкаловец Новосибирск | 1:2 П | Выезд | ||
| 16.10.1999, Сб | 32 тур | Динамо Омск | 2:1 В | Выезд | ||
Указанное время матчей — барнаульское (МСК+4)